Seppur restino ancora dei dubbi sull'esatto periodo della fondazione, alcune parti di muratura e la dedicazione al santo francese Germano d'Auxerre testimoniano l'origine altomedievale dell'edificio. Del periodo romanico si conserva il bel campanile, decorato a bifore inquadrate entro sottili cornici di archetti pensili, databile intorno all'ultimo quarto dell'XI secolo; dal XIII secolo la chiesa inizia a comparire in vari documenti mentre sulla sua struttura si leggono chiare le tracce dell'ampliamento trecentesco, che la videro strutturarsi con l'impianto attuale delle tre navate orientate verso l'altar maggiore a est, e quelle dell'intervento quattrocentesco che, con l'avanzamento della facciata, dotarono la chiesa di una campata in più, ma eclissarono dietro la nuova muratura la parte inferiore del campanile; quattrocentesca è pure l'abside poligonale e il corpo della sacrestia che vi si addossò a sud. Sulle pareti, sotto uno scialbo antico, affiorano affreschi di quei tempi. Fu parrocchiale anche della comunità di Pralungo fino al 1564. A fine Cinquecento la chiesa fu voltata e coperta di coppi, venne regolarizzata e adeguata al gusto corrente la facciata precedente e internamente si crearono varie cripte funerarie sopraelevando il piano di calpestio rivestito di pianelle in cotto. Nel Seicento fu arricchita dal protiro antistante il portoncino di ingresso e delle due cappelle laterali, oltre che di una numerosa serie di pregevoli arredi sacri. Alla fine del XVIII secolo la notevole distanza dall'abitato tollegnese convinse i parrocchiani ad edificare sul preesistente oratorio di San Defendente una nuova chiesa, più grande e centrale, relegando a cimiteriale l'antica San Germano. Così essa rimase fino ai primi del '900, quando anche il cimitero fu trasferito in un sito più adeguato alle esigenze del paese. Divenuta un immobile privo di finalità e un onere di non poco conto per la parrocchia di Tollegno, venne venduta all'industria laniera del paese nel 1953 e a questa rimase fino alla richiesta di acquisto da parte del DocBi.